Wszystkie domeny obsługiwane przez skrypt, muszą być przypisane do tego samego katalogu - z zainstalowanym skryptem. Nie może to być przekierowanie typu http z domeny na domenę! Przykładowo mamy 2 domeny a1.pl i a2.pl, skrypt jest zainstalowany np. w /home/www/aliasy, domeny a1.pl i a2.pl powinny być przypisane do katalogu /home/www/aliasy - czyli katalogiem główny dla tych domen jest ten sam katalog - /home/www/aliasy.
Sprawdź czy masz w pliku konfiguracyjnym ustawiony prawidłowy rodzaj domeny - np. dla domeny a.pl powinno być 0, a dla domeny a.com.pl 1.